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名称由来克孜勒苏柯尔克孜语意为“红水”。
境内有克孜勒苏河穿境而过，故在自治州成立时，决定以克孜勒苏作为自治州的名字。
建置沿革克孜勒苏自治州自古以来就是中国不可分割的神圣领土。
根据境内性质未定的原始文化遗迹和出土的人头骨化石推断，大约早在17万年以前，境内即有原始人类活动。
大约距今6000年左右的中石器时代，境内的先民已经能够打磨细石器，用于狩猎和从事简单的农耕生产。
大约在3000年前，中国中原社会已经进入奴隶社会的鼎盛时期，境内仍然处于母系社会的部落联盟状态。
同时境内平原地区出现定居农耕文化，山区为狩猎和放牧的游牧文化。
共3张自治州地图据中国史籍所载，中原的黄帝、舜帝、尧帝等都与境内的部落联盟有过密切的交往。
《竹书纪年》载“黄帝时西王母献白环，舜帝时又献之”；“尧，西王母献其白琯”；“舜受终西王母献益地图”；《贾谊新书》称：“黄帝涉流沙，登于昆仑，于是还归中国”；尧帝“身涉流沙，地封独山，西见王母，驯及大夏、渠叟”。
从这些记载中可以明确看出，境内的西王母之邦等部落联盟与中华古帝从长期的友好往来，最后到人心所向、众望所归、回归中国。
到了秦汉之际，境内的以母系社会为基础的部落联盟逐步解体，以各个绿洲自为体系的从事定居农业的“城廓诸国”以及以从事游牧的“行国”逐步形成。
境内的阿图什属疏勒国，阿克陶属中国，乌恰属捐毒国，阿合奇属尉头国。
汉神爵二年（前60年），统治西域的匈奴日逐王先贤掸率部归汉，汉朝政府设西域都护府以统之，从此克孜勒苏即正式划入汉朝版图。
三国时期，州境隶属魏国。
西晋时隶于西域长史府，东晋十六国时先后隶于前梁、前秦、后凉、西凉等政权。
南北朝时隶于北朝，设西戎校尉府，疏勒、龟兹（尉头属龟兹）、乌孙（捐毒属乌孙），皆受辖于该校尉。