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巴音郭楞蒙古自治州境域早在西汉初期，西域36国就有若羌、且末、小宛、山国、乌垒、仑头、渠犁、焉耆、危须等11个“城国”和“行国”分立。
西汉神爵二年（前60年），西汉政府在乌垒（今自治州轮台县境内）设西域都护府。
东汉永元三年（91年），东汉王朝时设置西域长史。
唐贞观二十二年（648年），设置焉耆都护府。
元朝起，为西蒙古（漠西蒙古即厄鲁特蒙古）游牧区、统治区。
清朝前期为西蒙古之一的准噶尔汗国统治区。
乾隆二十四年（1759年）平定准噶尔之后，设置喀喇沙尔办事大臣，所属焉耆、库尔勒、布古尔实行伯克制。
“丝绸之路”南道的卡墙（即今州且末县）、卡克里克（今州若羌县）隶属于阗办事大臣管辖。
光绪八年（公元1884年），新疆建省后，设喀喇沙尔直隶厅，光绪二十五年升为焉耆府，先后管辖新平（今尉犁）、若羌、轮台三县。
1949年，中华人民共和国成立后，于1950年4月12日成立焉耆专署。
1954年6月23日，撤销焉耆专署，分设巴音郭楞蒙古自治州（辖焉耆、和静、和硕三县）和库尔勒专署（辖库尔勒、轮台、尉犁、若羌、且末五县）。
1960年12月，库尔勒专署并入巴音郭楞蒙古自治州，州府由焉耆迁址库尔勒。
1970年4月，设置博湖县。
1979年10月，成立库尔勒市。
1983年，将库尔勒县并入库尔勒市，形成八县一市格局。
2012年12月29日，成立新疆直辖县级铁门关市，划归新疆生产建设兵团第二师管辖。
2020年1月2日，国务院关于同意将巴音郭楞蒙古自治州的部分区域划归铁门关市管辖。
巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市夜景行政区划：
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截至2017年底，巴音郭楞蒙古自治州下辖1个县级市、7个县、1个自治县，州府设在库尔勒市，全州有50乡，36个镇，5个街道。
州人民政府驻地库尔勒市巴音东路45号。
共4张巴音郭楞蒙古自治州县级市：库尔勒市。
县：轮台县、尉犁县、若羌县、且末县、和静县、和硕县、博湖县。
自治县：焉耆回族自治县。